Apollon est un des dieux les plus importants de toute la légende de la guerre de Troie. Il a participé à la construction de ses murs imprenables, s'en est pris aux Grecs à quelques reprises en leur décochant des flèches porteuses de maladie, a sauvé la vie d'Hector et a facilité la tâche des guerriers troyens à plusieurs reprises. 

​

Dans la guerre de Troie actualisée, après l'Iliade, c'est Apollon qui tue Achille en lui lançant une flèche dans le talon, un geste condamné par Héra qui l'a alors traité de jaloux. Paradoxalement, c'est Apollon qui a lancé un sort à Cassandre qui ainsi ne parviendra pas à convaincre ses concitoyens de l'attaque imminente des héros grecs cachés dans le cheval de bois géant, et de l'arrivée d'une autre flotte, cachée sur une île, au large.